在民國52年，森保處在大溪事業區89∼91林班內發現生態資源豐富的高山天然湖泊，接著在民國61年起陸續有生態學者進行調查研究，發現湖泊周圍有許多珍稀植物東亞黑三稜及一些新記錄的伴生種，引起保育人士注意，同時森保處也開始籌劃成立保護區事宜，以保護此一高山湖泊生態系及周圍原始檜木林的完整性。於民國75年依文化資產保存法將鴛鴦湖及周圍山區共計374公頃劃設為「鴛鴦湖自然保留區」，包括湖水面積3.75公頃，周圍沼澤地面積2.2公頃。因屬於自然保留區範圍，進入規定嚴格，本區僅供學術研究及教育目的使用，有別於一般觀光遊憩區之開放，以盡可能降低對生態環境之干擾。鴛鴦湖自然保留區管理維護計畫(110-119年)業經行政院農業委員會備查(109年10月26日農林務字第1091701957號函)；「鴛鴦湖濕地」104年由內政部依《濕地保育法》公告為「國家重要濕地」。

　　鴛鴦湖坐落在雪山山脈的中北部，海拔1,670公尺，終年雲霧裊繞，在秋冬之際常迎東北季風，使得氣候低溫多雨，屬恆濕型氣候，溼度高全年無乾季，一年下雨超過200天、起霧300天，年均溫為13℃，六月為最高均溫為27℃；最低是1月，約為10℃，此地區溫度很少低於0℃，較常看到結霜情形，降雪機率較低。

▲ 鴛鴦湖自然保留區範圍圖

區內動植物資源介紹

　　湖泊區域包含水域、交界帶以及周圍陸域環境，構成複雜多樣的生態環境，保留區內植物種類相當豐富，目前已記錄到蕨類植物75種、裸子植物8種、雙子葉植物226種、單子葉植物64種，合計373種，其中包含101種臺灣特有種，特有比例高達27.1%，可說是臺灣生物多樣性的熱點之一。喬木層以臺灣扁柏族群為優勢，灌木層的優勢樹種包括臺灣杜鵑、白花八角等，草本層則以華中瘤足蕨為優勢，伴隨有高山芒、紫金牛、鴛鴦湖細辛等植物；沼澤地濕生植物社會以草本植物群落為主，組成包括高山芒、燈心草、假柃木等；湖中水生植物主要組成有東亞黑三稜、水毛花等。

　　在晴朗的白天鴛鴦湖一帶容易見到臺灣野山羊、山羌、臺灣獼猴出來活動，到了夜晚，白面鼯鼠、食蟹獴等動物便開始出來覓食，在此區域發現的鳥類共有11科29種，湖泊內常見小鸊鷉及稀有過客鴛鴦，另外藪鳥、冠羽畫眉、白耳畫眉、鳳頭蒼鷹、紅嘴黑鵯、黃腹琉璃等。

　　本保留區核准「學術研究」或「教育機構」申請進入保留區，從事自然環境生態研究及教學工作。每日進入保留區名額以80人為限，每週總人數不得超過240人，以避免過多人為干擾影響自然生態平衡。

　　在每年的4月1日至4月30日為鴛鴦湖的封園日，禁止所有入區申請，為了讓園區內的動物在繁殖季節中不受到人為擾動的影響，同時也讓山林有一個喘息的機會，使區內的生態受到擾動後能慢慢恢復，以維護棲息環境的完整性及珍稀物種的保存。